在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相…… 本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。
演员：黄仁俊 金明俊 郑雨盛 金东贤 李知勋 周子瑜 张赫 姜河那 朴素丹 韩艺璃 郑恩彩 米妮 徐穗珍 田小娟 宋雨琦 叶舒华 金容仙 文星伊 郑辉人 安慧真 黄旼炫 金在奂 李大辉 金硕珍 闵玧其 郑号锡 金南俊 朴智旻 金泰亨 田柾国 朴敏赫 王嘉尔 姜东昊 郭英敏 崔珉起 金钟炫 李英珍 申成禄 金所泫 金多贤 金南佶 金泰熙 徐康俊 周元 高俊熙 车银优 尹世雅 李世荣 李昇基 成始璄 李多熙 朴志妍 张东润 李宰旭 李相仑 段宜恩 林在范 朴珍荣 崔荣宰 斑斑 金有谦 禹智皓 钟辰乐 韩艺瑟 申留真
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